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    我科学家利用外切酶组合实现三维基因组学技术降噪

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      3月4日,《核酸研究(Nucleic Acids Research)》杂志在线发表中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队提出的一种利用外切酶组合降低三维基因组学系列技术(C-技术)噪音的新策略。

      据张玉波研究员介绍,近年来,染色质构象捕获技术(C-技术)在三维基因组学中得到了非常广泛的应用。3C、4C、5C和Hi-C等一系列C-技术应运而生,但普遍都存在较高的数据噪音。该研究筛选了一系列高效的外切酶组合,可以有效地消除线性DNA及后续测序结果中的噪音来源。在标准Hi-C中验证发现,可以将邻近连接后体系中的有效互作模板比例从约40%提高到约80%。该策略可以在不同的C-技术中加以应用,预期均会有效降低技术噪音。

      该研究得到国家青年特聘项目、国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国农科院科技创新工程和大鹏新区等项目资助。(通讯员 赵华)

      原文链接: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa106

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